Os serviços da Secretaria da ECN contam com toda a organização e infra-estrutura necessária para manter os registros e arquivos informatizados da Escola, além de todo o material de comunicação e expedição da instituição.

A Secretaria é administrada por profissional integrante da Direção escolar e, portanto, com visão de gestão político-pedagógica-administrativa da instituição.
Através da ação integrada desse profissional com os demais profissionais da ECN, com o Quadro de Instrutores e, em especial, com a equipe diretora, ele responde pela organização técnica e legal da Secretaria. 

Além dessas funções é ele que garante, através da coleta, registro e arquivamento adequado, a identidade por matrícula, a regularidade e a autenticidade da vida escolar de cada Aluno, sendo de sua competência os registros informatizados relativos à freqüência e a avaliação feita pelos Instrutores de cada Curso.

Para que o processo ensino/aprendizagem possa se desenvolver com qualidade, a ECN dispõe de multimeios didáticos e também de outros recursos humanos e materiais, como o das embarcações da Flotilha, em convênio com o BCB, para os exercícios náuticos e práticas de mar.

Cabe à Secretaria providenciar esses meios, articulando, quando necessário, com a Central de Reservas de Turismo Náutico. Igualmente cabe à Secretaria providenciar a alimentação necessária, quando os Alunos estiverem em práticas de mar e os horários convencionados forem superiores a duas horas.

Os transportes para os locais de destino da prática, sejam eles aéreos ou rodoviários, ou que venham a ser exigidos nos próprios locais de destino, urbanos ou interurbanos, somente serão providenciados pela Secretaria quando integrantes do programa do Curso, mediante a comprovação dos respectivos pagamentos realizados pelo Aluno.

Em nenhum Curso é assegurado o transporte para o deslocamento do Aluno no trajeto residência-ECN-residência e quando isso for eventualmente necessário caberá ao Aluno arcar com a respectiva despesa.

A Direção espera que a estrutura da Secretaria da ECN se mantenha, desse modo, perfeitamente flexível para a constante adaptação às eventuais mudanças que venham a ser realizadas no projeto político-pedagógico ou na organização curricular da instituição.